Białka stanowiła niegdyś naturalną granicę pomiędzy regionem Śląska i Małopolski. Co więcej, w latach 1457 - 1472 na jej linii przebiegała granica państwa. To właśnie ona wpłyneła na historię lewobrzeżnej i prawobrzeżnej części dzisiejszej gminy Wilkowice.
Początki tych miesjcowości związane są z okresem walki z pogaństwem - okoliczne góry i gęste lasy dawały schronienie przed postępującym chrześcijaństwem. W drugiej połowie XIII w. zakon cystersów otrzymał od książąt raciborskich dominium łodygowickie w celu nawracania pogan. Na początku XIV w. opat klasztoru cystersów z Rud koło Raciborza - o imieniu Wilk - założył na zboczach Magurki wieś Wilkowice, sprowadzając w to miejsce osadników. Wilkowice i Bystra Krakowska, a także tereny obecnej wsi Meszna, należące do dominium Łodygowice, dzieliły losy swych właścicieli - w końcu XV w. kupił je właściciel Żywca, starosta spiski Piotr Komorowski, wprowadzając kalwinizm i sprowadzając grupę pasterzy wołoskich. Następni własciciele tych dóbr to Zbarascy, Wiśniowieccy i Warszyccy. 8 marca 1656 r. mieszczanie żywieccy postanowili bronić swego miasta przed Szwedami. Dogodnym do tego miejscem była "Brama Wilkowicka", w Mikuszowicach stoczono przegraną walkę z najeźdźcą, który w odwecie spalił Mikuszowice i Wilkowice. W 1675 r. Jan Wielopolski hrabia z Pieskowej Skały, kanclerz wielki koronny wykupił te tereny wraz z całą Żywiecczyzną, która dostała się we władanie Wielopolskich na ponad 160 lat. W 1838 r. dobra ziemskie przeszły w posiadanie Habsburgów. W 1848 r. chłopi galicyjscy zostali uwłaszczeni i otrzymali wolność osobistą.
Dzieje lewobrzeżnej części gminy są ściśle związane z historią pobliskiego miasta Bielska, założonego przez księcia cieszyńskiego Mieszka z rodu Piastów. Bystra Śląska powstała, jako osada drwali, z ludności pochodzącej ze Śląska oraz spośród kolonistów niemieckich (z tego powodu bywa nazywana "Bystrą Niemiecką"), którzy tereny miejskie, zaludnili już w drugiej połowie XIX w. w ramach akcji zagospodarowywania Pogórza Śląskiego. W 1327 r. tereny te przestały należeć do Polski, gdyż wraz z księstwem cieszyńskim, zostały przyłączone do Królestwa Czeskiego. Natomiast w latach 1526 - 1918 należały do austriackiej dynastii Habsburgów. W 1570 r. Bystra wraz z Mikuszowicami została zakupiona przez szybko bogacące się Bielsko. W owym czasie zmieniali się również właściciele tych terenów. W 1565 r. książę cieszyński Wacław II Adam przekazał swe włości w posiadanie synowi Fryderykowi Kazimierzowi. Natomiast po jego śmierci, gdy zostały one sprzedane, przestały być własnością rodu Piastów. W latach 1752 - 1848, jako ostatnia, władzę nad tym obszarem sprawowała rodzina książąt Sułkowskich. Bystra Śląska była własnością miejską do XIX w., a w późniejszym okresie stała się gminą wiejską.
W 1956 r. dwa odrębne sołectwa Bystra Śląska i Krakowska zostały połączone w jedną Gromadzką Radę Narodową w Bystrej, która od 1973 r. należy do gminy Wilkowice. W 2005 r. zostało przeprowadzone referendum, w którym mieszkańcy zadecydowali, że nazwa miejscowości zostanie ujednolicona. Od chwili wejścia w życie ustawy w tej sprawie obie części wsi: Śląska i Krakowska występują pod wspólną nazwą - Bystra.
Istnieje również kilka interesujących legend związanych z historią gminy. W latach 1620 - 1630 po beskidzkich lasach grasował zbójnik z Wilkowic o nazwisku Rogacz, który w czasie pościgu został zabity i pogrzebany na pobliskiej górze, zwanej odtąd Rogaczem (828 m n.p.m.). Także najwyższa góra leżąca w granicach gminy Wilkowice - Klimczok (1117 m n.p.m.) nazwana jest od nazwiska zbója Mateusza Klimczoka, urodzonego w Lipowej.